研究显示细胞可将基因组折迭成各种不同的形态
同样的纸能折成各种各样的东西,比如起重机、昆虫等等。人类机体也面临着类似的问题,每个细胞的基因组都是一样的,但细胞需要执行不同的功能,比如免疫细胞负责抵御感染、视锥细胞感知光线、心肌细胞得不停的搏动。用详细的图谱展示了2米长的人类基因组在细胞核内的全部折迭方式。研究显示,细胞可以将基因组折迭成各种不同的形态,进而调节自己的功能。
这项研究的主要成果是列出了整个人类基因组上形成的环(loop)。为了理解基因调控,几十年来人们一直在研究基因附近的区域。然而,基因组折叠之后离基因很远的序列也能与之发生接触。基因组成环曾一度是现代生物学的一大盲点。研究人员发现,人类基因组DNA差不多可以形成一万个环,这个数字小得有些出人意料。人们之前估计基因组含有上百万的环。研究指出,尽管数量少但DNA环在几乎所有细胞过程中起到了基础性的作用。这是因为许多环的一端都有基因,成环的时候基因就会启动。
这些环一段连接基因,另一段连着隐藏在垃圾DNA区域里的遗传学开关。“我们的基因组成环图谱揭示了数千个隐藏着的开关,”研究人员说。“对于那些引起癌症和其他疾病的基因来说,了解这些开关是至关重要的。”
研究团队阐明了与成环位置和成环机制有关的一系列规则。“如果DNA是根鞋带,你想在哪里成环都可以。但在细胞中,成环是受到高度约束的,”研究人员说。“我们看到的环基本上跨度都少于两百万bp,它们很少重叠,而且几乎总是与CTCF有关。” 已知蛋白 CTCF参与了染色质3D结构的调控。“zui令我们惊讶的是,CTCF蛋白形成DNA环有着*的机制,”研究表明,哺乳动物不仅共享着相似的一维基因组序列,也具有类似的三维基因组折叠模式。在折纸中,不论多复杂的设计都能通过两种基本的折叠来完成,mountain fold和valley fold。基因组中的环也起到了类似的作用。“环是细胞的基础工具,细胞核中DNA环的形成和解体允许不同细胞建立各种各样的3D折叠,并由此实现非常多样化的功能,”研究人员说。
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